Kommunens verksamhet är organiserad i fyra nämnder och förvaltningar. Till detta kommer myndighetsnämnd, valnämnd och revision samt ett antal bolag och samarbeten. Totalt är cirka 900 personer anställda i kommunen.
Kommunledningsförvaltningens huvudsakliga uppgift är att leda och samordna den kommunala administrationen och att ta fram gemensamma planeringsunderlag för kommunens strategifrågor. I förvaltningen finns måltidsorganisation, arbetsmarknad, integration och näringsliv samt IT-verksamheten. Sedan den 1 januari 2019 ingår kultur- och fritidsfrågorna med bibliotek, fritidsanläggningar och föreningsliv som en del av förvaltningen. Förvaltningen ger också service och stöd till kommunfullmäktige, kommunstyrelse, nämnder och allmänhet. Kommunstyrelsen är förvaltningens beslutande organ.
Inom barn- och utbildningsförvaltningen finns förskolor, låg- och mellanstadieskolor och fritidshem i kommunens fyra orter. I Lessebo tätort finns dessutom en högstadieskola, särskola, familjecentral, gymnasieskolans introduktionsprogram, vuxenutbildning, SFI och kulturskola. Förvaltningen är organiserad under barn- och utbildningsnämnden.
Samhällsbyggnadsförvaltningen är en sammanslagning av plan och miljö- och tekniska förvaltningen och är indelad i en myndighetsdel och en verksamhetsdel. Myndighetsdelen har det närmsta ansvaret över miljöarbetet och plan- och byggnadsverksamheten i kommunen. Beslutande nämnd är myndighetsnämnden. Verksamhetsdelen ansvarar för dricksvatten, avloppsrening, gator, parker och kommunala fastigheter. Beslutande nämnd är samhällsbyggnadsnämnden.
Förvaltningen ansvarar för insatser till personer med behov av stöd inom äldreomsorg, funktionshinder, individ- och familjeomsorg och kommunal hälso- och sjukvård. Socialnämnden är beslutsfattande nämnd.